■ 奈米元件實驗室
奈米CMOS元件製程技術∣奈米能源與光電技術∣奈米機電元件技術

■ 實驗動物中心
實驗動物繁殖與飼養管理∣實驗動物品管技術∣隔離操作箱技術∣
基因改造及分析技術

■ 地震工程研究中心
結構耐震實驗及數值模擬技術∣結構耐震設計與評估補強技術∣地震災損評估技術

■ 太空中心
衛星系統整合∣衛星本體發展∣酬載儀器發展∣衛星任務操作∣遙測影像處理

■ 高速網路與計算中心
高速計算技術∣雲端計算技術∣格網技術∣資訊安全

■ 晶片系統設計中心
IC/SoC設計∣SoC/SiP整合技術∣異質整合技術平台∣智慧電子系統整合技術

■ 儀器科技研究中心
光電遙測∣微米及奈米結構製程∣真空系統與鍍膜∣儀器系統整合∣
光學與機械精密製作檢測

■ 科技政策研究與資訊中心
科技前瞻與能量分析∣國家創新系統研究∣績效評估∣科技計畫管理∣
科技資訊整合服務

■ 災害防救科技中心
颱洪應變與減災技術∣地震應變與減災技術∣新興議題減災研究技術∣
其它災防中心能量與技術

■ 台灣海洋科技研究中心
海洋觀測與模擬分析技術∣海底地震觀測技術∣深海探測技術∣
海洋資料庫與海洋資訊網

■ 台灣颱風洪水研究中心
數值天氣模擬技術∣定量降雨預報技術∣水文模擬技術∣前瞻觀測技術